特殊行动是于3.3.2版本加入游戏中的一种额外的单人任务，也可以看作是非主线剧情的支线类单人任务。特殊行动任务的时间跨度很大，有发生在第一幕、第二幕或焚风起源等主线剧情中的，也有发生在休战期间的，甚至于战争开始前的前传性任务。大部分特殊行动任务的剧情都与主线任务有或多或少的关联和补充，将故事更为完整地串联在了一起。
在3.3.2版本更新时，只有苏联拥有特殊行动任务。3.3.3版本盟军和厄普西隆也更新了各自的特殊行动任务。3.3.4版本则更新了大量的特殊行动任务，3.3.5版本在这个基础上进一步锦上添花。而到了3.3.6版本，焚风也终于有了自己的特殊行动任务。
截止到目前为止，盟军、苏联和厄普西隆各拥有6个特殊行动任务，焚风当前只有1个特殊行动任务，总计19个。
数码守护神[]
- 详见页面: 数码守护神
屡遭风雨的太平洋阵线已是濒临崩解，在撤离到更安全的地点之前，友川纪夫试图帮助那些忠于太平洋阵线的部队从一座基地里回收一些遗失的技术。而等待着他们的将是一台被中国部队和日本叛徒激活的危险武器。
顽疾[]
- 详见页面: 顽疾
尤里的部队使用心灵信标占领了戛纳，并控制了城市里的一支美军兵团。几名可以协助悖论计划完成的金川工业科学家也被困在这座城里，盟军试图营救他们，并借此来了解一些关于他们的新敌人的信息。
殊途同归[]
- 详见页面: 殊途同归
厄普西隆封锁了巴拿马运河，妄图阻止友川纪夫和他的部队抵达维尔京群岛同这场反击行动的主力会师。为了回应友军的求救，同盟国联军的英雄们将戮力同心来应对这场危机。
金属盛宴[]
- 详见页面: 金属盛宴
在谭雅和友川纪夫在亚马逊奋战的同时，盟军为了收集他们所需的资源，派遣了另一支部队前往非洲。在安哥拉发生了一场针对尤里的厄普西隆的暴动，而此地有着大量处于心灵军团和天蝎组织掌控之下的石油精炼厂。
交通管制[]
- 详见页面: 交通管制
在失去了亚马逊热带雨林的战术核弹发射井之后，尤里计划制造一枚装载核原料的火箭，并将其从位于南美洲的某座城市发射以击落悖论引擎。正处于待命状态的圣胡安幸存美军迅速做出了应对。
永眠[]
- 详见页面: 永眠
原型[]
- 详见页面: 原型
战争开始的十年前，俄罗斯人民开始反对驻扎在俄罗斯境内的盟军。当位于乌克兰一处据点的美军开始撤离时，两名老练的士兵将前往那里的美军实验室执行任务。
星蚀[]
- 详见页面: 星蚀
为了获取由日本金川工业开发的科技，中国军队开始向鹿儿岛进军。在他们向一座储存了未来坦克原型机的金川工业复合基地进发时，当地的太平洋阵线守军却拒绝投降。一场大战在所难免。
猎头者[]
- 详见页面: 猎头者
随着中国与苏俄的联盟破裂，滞留于欧洲的中国远征军展开了行动。为了保存自身的实力并为捍卫自己的关键地位早做打算，中国已经开始从欧洲大陆分批次撤离自己的部队。但是敌人却在桑坦德伏击了他们。
杂音[]
- 详见页面: 杂音
随着谈判日临近，中国要求苏联释放在中苏交战期间被俘获的士兵，苏俄同意了这一条件。然而，并不是所有人都乐意释放战俘，包括某些没被尤里控制心灵的人。
破晓者[]
- 详见页面: 破晓者
在锁定尤里的位置后，留在地球上的所有苏俄部队开始重组并朝着他们祖国的方向进发，以协助主力部队进行最后的总攻。通往乌拉尔山的艰险之路等待着他们。然而，一座天启坦克生产设施有可能会让这次行动变得简单一些。
战火兄弟连[]
- 详见页面: 战火兄弟连
沉默是金[]
- 详见页面: 沉默是金
一名中国特工已经发现了苏俄政权不再拥有MIDAS弹头的秘密。尤里担心这可能会促使中国再度对俄罗斯国土展开攻势，因此下令在这位特工设法回到中国之前将其暗杀。
灰飞烟灭[]
- 详见页面: 灰飞烟灭
苏联正在筹备一项重大行动，以期一劳永逸地将盟军从非洲的土地上抹消。这一行动可能对尤里下一阶段的计划构成威胁，因而必须被扼杀在萌芽状态。当政变的阴云已在莫斯科上空凝聚之时，天蝎组织也在摩洛哥做好了行动准备。
血怒[]
- 详见页面: 血怒
“王牌”在克什米尔的任务中遭到了一次突然袭击，这让她再一次陷入了狂暴，尤里要求让她冷静下来并把她从中国与厄普西隆混战中的战场上带回以使其恢复正常。
转瞬即逝[]
- 详见页面: 转瞬即逝
尤里认为金川工业在这场战争中起到的作用远远出乎他的意料。因而当厄普西隆在日本领土中部发现了一座满是他们从未见过的武器的研究基地时，尤里立刻派出部队前去调查。
夜行者[]
- 详见页面: 夜行者
盟军对非洲西海岸的打击破坏了心灵军团在比绍建造心灵控制增幅器的计划，这迫使尤里另寻方法来控制非洲大地。雪上加霜的是，天蝎组织依旧在顽抗尤里的部队，而盟军前进的脚步也没有停下。
劫后余生[]
- 详见页面: 劫后余生
时间胶囊[]
- 详见页面: 时间胶囊
花絮[]
- 特殊行动（Special Operation）在3.3.2至3.3.4版本期间被称为附加任务（Covert Operation）。其英文名称Covert Operation实际上是对命令与征服系列的第一部作品泰伯利亚黎明的资料片命令与征服：隐秘行动的致敬（原作的英文标题就叫Covert Operations）。然而由于该任务类别的原名Covert Operations和合作任务（Cooperative）有些类似，同时在3.3.4版本更新的众多附加任务中有很多大兵团突击作战的行动（诸如交通管制和战火兄弟连），与致敬原作标题的“隐秘行动”相去甚远。为注意区分，3.3.5版本更新后附加任务的称呼最终被改为了特殊行动。
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
