以下是心灵终结中的非阵营或子阵营性质的特殊组织名单。另见分类:特殊组织。
命运科技
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命运科技是负责
欧洲联盟科技项目开发的机构，创始人为西格弗里德。后来同位于海外的金川工业成员一同合并为未来科技国际研究公司。
金川工业
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金川工业是负责
太平洋阵线军事武器项目开发的企业，曾因战争的原因被分为两部分：位于海外的一部分跟随命运科技并在后来合并为未来科技公司，另一部分遭遇了中国一段时间的控制，后在一支盟友的帮助下脱离了控制，并在一个紧急的条件下同仍然从属于盟军的金川工业人员会合并加入了未来科技。
未来科技
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作为命运科技与金川工业长期合作的结果，
同盟国联军的未来科技成立于同尤里的战斗期间。极点战役失败后，部分幸存的未来科技成员与同盟国联军残部一同转移至阿拉斯加，并在希望角保卫战结束后参与负责
焚风反抗军的武器开发。
科洛尼亚
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科洛尼亚是
科洛尼亚侧翼的移动总部，将在以后的剧情中出现。
军团 / 部队
以下是在心灵终结战役中有较突出表现，且拥有对应剧情以及各自编制的部队：
美国反抗军
美国反抗军是散布于
美利坚合众国本土及部分附属领地的抵抗势力总称。由卡维利将军领导，总部位于阿拉斯加的希望角要塞。
美国反抗军曾在心灵终结战争期间独立作战，但并未取得显著战果，仅极少数部队回归了一路南下的盟军主力部队当中。战争末期，退守希望角要塞的美国反抗军剩余力量被厄普西隆军控制，后又被大反抗军解放；美国反抗军协助其联络了南极的同盟国联军残部，与后者会合。重组后的美国反抗军再次成为了 同盟国联军的主要军事力量。
南十字军
南十字军是以 欧洲联盟部队为主力组建的 同盟国联军三大主力部队之一，从开普敦战役开始与盟军指挥官一并合作，并在这之后参与了南极战场上的所有重大战役。极点战役中被异教指挥的天秤和拉恩所率领的部队击溃，残兵与其他幸存者一同转移至了阿拉斯加。
南十字军的名字（Southern Cross）取自于火线风暴中玩家扮演的GDI指挥官所属的南十字星指挥基地。南十字座是南半球极为重要的星座（相当于北斗七星在北半球的地位），其长十字向下延长4倍即为南天极的位置，而南天极与地心的连线在地面上的交点即为南极点。将这支部队命名为“南十字军”，不仅包含了当时主力已经集中在南半球的悖论远征军对它的期待，也似乎暗示了心灵终结仪就在南极点。
回旋镖军团
回旋镖军团是以 太平洋阵线部队为主力组建的 同盟国联军三大主力部队之一，维尔京群岛保卫战之后盟军的太平洋阵线各部进行了整合并组成了回旋镖军团，后期参与了南极点决战。极点战役中遭到被心控的苏联部队背刺而被击溃，残兵与其他幸存者一同转移至了阿拉斯加，并在当地与来自日本本土的太平洋阵线部队重组。
虽然剧情上没有详细提及，但是从风暴使者和偏执狂的简报，以及部队本身的名字[注]可以推断出，回旋镖军团的主要构成是以澳大利亚和新西兰的太平洋阵线部队为主，日本和韩国等其他部队为辅。
法国抵抗军
法国抵抗军是 同盟国联军主力撤退至英国后留在法国抵抗苏联的 欧洲联盟部队，这其中也包括少量留在法国的 美军部队。在第三次世界大战末期和战间期，法国抵抗军在诺曼底和波尔多进行了数次作战，挫败了苏联支援进攻英国的图谋，有力地支援了英国本土的同盟国联军主力。心灵终结战争爆发后，法国抵抗军与同盟国联军主力会合，经整合后成为欧洲联盟主力的一部分。
值得注意的是，法国抵抗军是最早将圣骑士猎杀坦克投入实战的部队。
超时空军团
超时空军团是 同盟国联军基于西格弗里德开发的“超时空背包”而组建的特种战略部队。超时空军团组建初期驻扎在伦敦，在锡利群岛首次投入实战，并参与了之后悖论远征军的几乎所有重大战役。南极战役中，超时空军团曾试图阻止天秤向极点进军，但主力被后者全歼。残余的超时空军团参与了极点的后期决战，但被厄普西隆军的增援全歼。超时空军团也成为剧情中惟一一支被完全消灭的特殊部队。
乌拉尔山方面军
乌拉尔山方面军是参与莫斯科决战的
苏维埃联盟三大主力部队之一，以
苏维埃俄罗斯远东和西伯利亚的幸存者为主，在向莫斯科进军的路上夺回乌拉尔山的天启坦克生产基地，与当地被解放的部队一并组成乌拉尔山方面军。
乌拉尔山方面军也是战役中除玩家之外唯一可直接量产一种渗透单位（天启坦克）的友军部队。
斯大林格勒方面军
斯大林格勒方面军是参与莫斯科决战的 苏维埃联盟三大主力部队之一，初始组成为转移到欧洲的 苏俄部队以及欧洲的
拉丁同盟幸存者，在摧毁斯大林格勒的增幅器之后，当地一支从心灵控制中解放出来的
中国部队也加入到了这支队伍当中，并与其他被解放的当地 苏俄部队联合组成斯大林格勒方面军。
斯大林格勒方面军也是苏联结局关战役中唯一一支真正意义上三个苏联子阵营联合上阵的部队。
黑色精英警卫队
黑色精英警卫队是驻守克里姆林宫的 苏俄精英警卫队，在莫斯科被心灵军团控制之后依然履行精英护卫的职责。莫斯科决战中被其他苏联部队解放，并坚守克里姆林宫周边地区直到战斗结束。
黑色精英警卫队的原型实际上便是红色警戒2盟军战役最后一个任务超时空风暴中出现的黑色警卫队，他们的职责也和原作一样。
疾风小队
疾风小队是从属于 武秀荣将军指挥的一支精英步兵团，截至目前，救出被囚禁于阿富汗不明地下设施的云茹并逃离战场的行动是已知的唯一有他们参与的任务。
