挑战模式是自3.3版本起加入的PVE专用遭遇战模式，由1-2名结盟的玩家（至少1名人类玩家）对抗三个特殊强化后的AI敌人。敌方得到的强化多种多样，包括不限于大量初始部队和生产设施、特殊的机制、数值层面的强化，以及渗透科技或者更强的单位。
心灵终结中的挑战模式可以看作是绝命时刻中的将军挑战、凯恩之怒中的凯恩挑战，以及起义时刻中的指挥官挑战三种挑战模式的有机结合。并在这个基础上加入大量调整和扩充，大幅增强了游戏的挑战性和可玩性。
挑战模式共有三个难度等级：休闲、普通、终结，该难度影响的只是AI的强度，并不会改变前述的特殊强化；游戏选项相比常规遭遇战有很大的限制：
- “快速游戏”、“建造场重新部署”、“载入图不显示位置”、“于盟友基地旁建设”和“渗透科技单位”选项强制开启；
- “于游戏内改变盟友”、“建造场开局”、“禁止驻军”和“机动建设车数量限制”选项强制关闭；
- 如果地图水域面积足够大，则强制关闭“禁止海军单位”选项，反之强制开启；
- 矿石生长速度标准，科技防御建筑全部可用，初始部队数量为0；
- 仅限挑战：超级武器：超级武器全部可用；
- 仅限终结难度：“随机工具箱”与“永久小地图”选项强制关闭；
- 仅限子阵营挑战：不能选择该挑战中对抗的子阵营；
- 敌方AI使用的颜色完全统一：盟军系挑战敌方统一为蓝色，苏联系挑战敌方统一为红色，厄普西隆系挑战敌方统一为紫色，焚风系挑战敌方统一为青色，子阵营混合类挑战敌方统一为品红色。玩家进行对应挑战时不能选择敌方AI使用的颜色；
- 不允许选择观察者进行观战。
在所有挑战地图中，玩家的初始位置会有金钱工具箱8个，科技战地医院、科技机械维修车间各1座，科技钻油井4座，还可能有一些科技防御建筑。
挑战：自由[]
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在遥远的阿拉斯加，我们注意到 
美军运输机正在进行不同寻常的大规模活动。我们相信那里有一座大型的空军基地，而更令人担忧的是：墨丘利卫星的攻击坐标也被设置在了此处。
挑战：加速世界[]
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危险！
欧洲联盟的指挥官正在使用一种基于超时空传送仪的技术，这可以让他们的步兵和载具以难以置信的高速移动。他们似乎还部署了一种会超时空移动的坦克的原型机。
挑战：彩虹[]
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一种奇特的天气控制技术被 
太平洋阵线部署在了“彩虹”人工岛上。这种技术可以用多种不同的方式来改变战场的状态，以阻止那些试图征服这座岛的敌人。
挑战：坦克大战[]
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苏俄再次部署了令人畏惧的自动化天启坦克！这次，这些巨兽坦克的控制系统不会再出故障了。所幸它们的数量仍然不多，准备好你的防御！
挑战：熔火之心[]
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这里越来越热了！三支 
拉丁同盟的军队已经在你所在的位置附近登陆，并包围了你的部队。为了击溃你，他们已经准备好要把这座岛屿烧成一片白地了。
挑战：钢铁长城[]
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长城不是一天建成的。 
中国军队已经部署了他们自己独有的先进铁幕科技，包括强大的铁龙坦克，以及一种看起来像百夫长攻城机甲的武器。这座钢铁长城正在势如破竹地推进，而能阻止它的只有你了。
挑战：炼狱[]
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你的部队成功登陆了尤里的岛屿。
心灵军团在这里进行秘密实验，而这座岛屿的秘密则被一些石像守卫着。这些石像看起来就像尤里的光头一样，你得小心了。
挑战：传染[]
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天蝎组织在他们的一座非洲基地里部署了一种新型的、传染性极强的毒素。看起来它们被装在一些易碎的桶里，而这些桶被堆放在一个峡谷里，并由重兵把守着。小心别被感染了！
挑战：升天[]
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厄普西隆总部守卫的军队正在南极洲以外的地方扩张他们的基地。他们被基因强化的超级士兵对全世界来说都是个威胁。更糟糕的是，一支全副武装的空中舰队正在前来支援这些基地。
挑战：M.A.D. 狂乱[]
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狂鲨先锋的部队开辟了两条道路，并用它们来部署大量的M.A.D.M.A.N.。这些单位是一个巨大的威胁，而你只有摧毁敌军基地才能阻止其对应的M.A.D.M.A.N.进入战场。
挑战：火风暴[]
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科洛尼亚侧翼已经在一座废弃都市里部署了他们的部队，并通过改进的爆裂熔炉来为大范围的爆裂战壕供能，以保护他们的前哨站。现在，他们正在等待着自寻死路的敌人。
挑战：造物轮回[]
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最后堡垒正在量产机械造物，并使用大量的离子要塞炮来保卫他们的战斗基地。幸运的是，基地周围的水域已被冻结，一条地面单位可以通过的冰封之路出现了。是时候发动突袭了！
挑战：异变[]
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盟军对超时空技术孜孜不倦的研究使其达到了发展的顶峰。通过操纵时间的手段，他们拥有了随意扭转对手科技成果的能力。战场已经演变成了一座时间与空间的迷宫。
挑战：革命[]
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尽管曾被理念和利益所割裂，
但共产国际再次团结起来，并把他们的基地建设在这座巨型要塞内，誓死捍卫赤红苏维埃。任何敢于接近的敌人，都会受到红军和核武器的制裁！
挑战：障眼法[]
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尤里遍布在世界各地的部队，如今正在一座偏远而荒芜的岛上集结。他们大量地使用先进的心灵幻象技术来隐藏自己。更糟糕的是，未知的威胁正从地底袭来。
挑战：坚韧[]
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焚风反抗军的军队成功攻下了一座太平洋上的偏远岛屿，并试图把它改造成一座混合战斗基地。他们在这里为单位投放了大量的纳米机器人，你要小心了！
挑战：重装武器[]
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三个原本应该敌对的阵营现在联合了起来，共同修建了一个复合堡垒，要想进入这里就只能通过唯一的一条道路。他们已经部署了各种精奇古怪的科技，以捍卫这片资源富足的区域。
挑战：水立方[]
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在大海之中，一位变节的指挥官收集了足够多的科技，为自己建造了三座不同阵营的海军基地。附近还潜伏着危险的厄普西隆突击部队，而你所有的只是一座可怜的小岛。
挑战：角斗士[]
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一名身份不明且充满敌意的指挥官将干扰技术融合在一起并借此开发出了庞大的系统，这能使他的对手陷入无力还击的状态。幸运的是，该系统的研究尚不成熟，因此，你还有时间将其扼杀在萌芽阶段。
挑战：超级武器[]
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可怕的消息！在统一的指挥下，三个不同阵营的主力部队部署了所有的超级武器：天气控制机，战术核弹发射井以及心灵支配仪。他们还甚至获得了焚风的暴风起源，时...时间正在飞逝！
挑战：英雄杀[]
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傀儡大师再一次运用了心灵控制诡计！你将要面对的是快速、多变而危险的敌人。当心了：一支由致命的克隆人组成的大军正在这个沙漠战场上协助他们。
挑战：审判[]
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