挑战模式是自3.3版本起加入的一种特殊的、玩家对抗AI形式的遭遇战。
挑战由两名人类玩家(或一名人类玩家与一只AI)结盟，共同对抗3个开局拥有大量基地建筑并经过特殊强化的AI(大多数挑战地图中敌方AI拥有渗透科技单位)。
挑战模式使用了遭遇战的相关设置，玩家可以手动选择难度与是否开启终结级AI强化。但需要注意，以下设定在挑战模式是强制的：
- "于盟友基地旁建设" 、"海军单位" (如果地图有足够水域) 与"渗透科级单位" 选项开启；
- "于游戏内改变盟友" 选项关闭；
- 初始部队数为0；
- 如果挑战的3个敌方AI都为一个相同的子阵营，则玩家不能选择该子阵营；
- 玩家不能选择敌方AI使用的颜色；
- 不允许观察者存在。
在所有挑战地图中，靠近玩家的初始位置都有8个金钱工具箱。此外玩家基地附近有一座战地科技医院、科技机械维修车间，几座科技钻油井和部分科技防御设施。